Konon ceritanya dari nenek moyang, leluhur, jaman dahulu berbentuk desa masih terdiri dari hutan belantara dan akhirnya muncul orang dari Mataram. Orang-orang tersebut salah satunya adalah Kiai Peneger, Kromo Dinoyo, Kromo Dimedjo, Iro Kromo Yudho, Den Ayu Cekti, dan Mbah Sutilah istri dari Mbah Warso. Mereka berusaha membabad alas untuk dijadikan tempat tinggal dan sehingga muncul pemikiran dari Kiai Pineger untuk menanam sebuah tanaman bunga.

                Tanaman tersebut tumbuh subur, seiring perkembangan jaman tanaman tersebut dikenal dengan sebutan Kembang Jepun dan akhirnya daerah tersebut dikenal dengan nama Desa Jepun. Pimpinan Desa Jepun yang pertama adalah Mbah Warso. Seiring perkembangan jaman, maka daerah Jepun mengalami peningkatan dan perkembangan kedaerahannya. Berbagai potensi yang ada telah mengantarkan desa tersebut berkembang pesat.

                Demikianlah selayang pandang mengenai kesejarahan penamaan Kelurahan Jepun. Setidaknya bisa dijadikan pengetahuan bagi masyarakat, dan khususnya kepada para generasi muda. Adapun daftar demang atau lurah Jepun, diantaranya:

1. Mbah Demang
2. Kromo Setro
3. Mukmin (ABRI)
4. Sukri
5. Mustar (ABRI)
6. Banu (ABRI)
7. Semi (ABRI)
8. Agus Pitoyo (1980-1999)
9. Soeroto, S.Sos (1999-2006)
10. Sulam, SH (2006-2007)
11. Yasin (2007-2010)
12. Sunaryo, S.Sos (2010-2014)
13. Drs. Tony Suparwis (2014-…)